更新日時：2007年10月11日
ショップはメインメニューからいつでも利用できます。ショップの追加はアイテムで各ショップのアドレスを入手することでどんどん追加されていきます。
| ショップ アドレス入手 | |
| ショップ | 入手方法 |
| 神羅ビルショップ | 初期 |
| 八番街マテリア店 | MS：貴重なものを求めて・・・＞ミッドガル都市開発部門：（5話エントランス神羅社員と話す）＞第一スラム開発計画＞クリア |
| 伍番街マテリア店 | MS：貴重なものを求めて・・・＞ミッドガル都市開発部門＞魔晄採掘施設調査任務＞クリア |
| 六番街アクセサリ店 | MS：貴重なものを求めて・・・＞ミッドガル都市開発部門＞地下都市計画＞荒野に隠された・・・＞宝箱 |
| 七番街ショップ | MS：ウータイ戦争終結作戦＞ウータイ残党 ふたたび＞ミッドガルへの潜入＞宝箱 |
| 調査課支援室 | 3話：ボス：「G・イレイサー」撃破後「シスネ」からもらえる |
| 調査課極秘支援室 | 第9話：俺たちは英雄だ＞コンガガ周辺の宝箱 |
| かめ道楽本舗 | MS：ウータイ戦争終結作戦＞ウータイ特殊部隊「円月輪」：（第5話：ウータイスパイを探せ！クリア）＞暗殺部隊を倒せ＞宝箱 |
| ウータイ秘密ショップ | MS：ウータイ戦争終結作戦＞ウータイ残党の暗躍＞「ウータイ五聖」を倒せ！＞クリア |
| コンガガ商会 | MS：モンスター調査計画＞モンスター事件＞未確認モンスター＞クリア |
| アクセサリ屋 ニブル | MS：貴重なものを求めて・・・＞掃除屋ザックス＞荒野に隠された・・・＞宝箱 |
| ジュノンみやげ物店 | MS：モンスター調査計画＞未探査領域 調査計画＞孤島を調査せよ＞宝箱 |
| ボーンビレッジ通商 | MS：より貴重なものを・・・＞孤児脱走事件＞無人島へ逃げた少女＞宝箱 |
| ミスリルマイン商事 | MS：モンスター調査計画＞未探査領域 調査計画＞落盤事件を調査せよ＞クリア |
| 通販ショップ・デュオ | MS：謎の大空洞＞何を求めるのか・・・＞ジェネシスの新兵器＞宝箱 |
| ネットショップ・・・闇 | MS：謎の大空洞＞謎のエネルギー＞異常なパワーアップ＞宝箱 |
